溃疡性结肠炎预后很不一致，有的发作严重的病人可以自行痊愈，永不复发；有的直肠有轻度炎症，数年健康正常，最后发生严重的结肠炎，需做急症手术。发病前全身情况和年龄，病程连续或间断，病发活动程度，治疗方法和效用等因素都影响预后。应综合以上各种因素，确定长期生存预后衡量生活能力。生存率性别无明显差别，死亡率40岁以上的病人在确诊后1～2年较高。病变广泛和症状严重的更容易复发。结肠有明显破坏，肠腔变小和有假性息肉的预后不良。但有的结肠病变可以恢复。各地区预后不同，如丹麦病情严重的极少，苏格兰预后好，病期增长，病情改进增加。

妊娠对慢性复发性结肠炎的影响也不一致，有的由妊娠开始直到分娩无任何影响；有的在妊娠期间结肠炎症有改进，但随着分娩有严重发作。在结肠炎缓解期妊娠，结肠炎加重的很少，对胎儿和新生儿无明显影响，在发作期妊娠，结肠炎容易加重，有些婴儿不能正常生活；如在妊娠期或产后发生结肠炎，预后不良。15岁以下儿童比成年的预后不好。老年的病程常不甚严重，但常不能自行缓解，常需手术治疗。忧虑和精神紧张常可引起发作。

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