本病是一种病因不明的，主要以直肠和结肠的浅表性、非特异性炎症病变为主的消化道疾病，主要累及直肠和乙状结肠，也可侵及到其他部分或全部结肠；病变严重者中，少数可出现10cm以内的“反流性回肠炎”，以侵犯粘膜及粘膜下层为多见，很少累及肌层部位。首先是粘膜浅层的弥漫性炎症改变，广泛性充血，继之水肿、肥厚和脆性增加，多数脓疡形成并融合后可产生浅小溃疡，进而发展为大溃疡，是本病的特点。晚期由于结肠组织增生，使肠壁变厚、变窄，肠管变短。

溃疡性结肠炎有人认为溃疡性结肠炎是一种自身免疫性疾病，许多病人血中具有对正常结肠上皮与特异的肠细菌脂多糖抗原起交叉反应的抗体。再者，淋巴细胞经结肠炎病员的血清培养可变为对结肠上皮有细胞毒性。此外在结肠炎病人的T和B淋巴细胞群中发现有改变。但以后认识到这些异常并非疾病发生所必须，而是疾病活动的结果。事实上，Brandtzueg等清楚地证明并非溃疡性结肠炎病人残留腺体中组织水平免疫球蛋白活动有缺陷，IgA运输正常，而IgG免疫细胞反应为对照病员的5倍。因此，有可能IgG在疾病的慢性过程中具有作用，但与疾病发生则无关。

总之，目前认为炎性肠道疾病的发病是外源物质引起宿主反应，基因和免疫影响三者相互作用的结果。根据这一见解，慢性溃疡性结肠炎与克隆病是一个疾病过程的不同表现。