肛门囊肿和脓肿是两种不同的概念，肛门囊肿发展到一定的程度，在一定的条件下可以发展成为脓肿，但他们并不是同一种疾病。

囊肿本身是一种生理性疾病．本身并没有细菌感染，但是症状和脓肿差不多，都需要手术治疗。

肛门脓肿是一种一细菌感染为主要病因的疾病。

主要表现为肛门周同围发红、肿胀、疼痛或跳痛，肛门坠胀，肛门周围可触及疼痛性肿块，甚至大小便困难，寒战，发热、全身乏力等。如果脓肿位置深，肛周局部症状往往不明显，而全身症状却显著，肛内坠胀可波及下腹部。

脓肿的形成在起病三至七天，脓肿溃破后疼痛缓解，全身症状也减轻，形成肛瘘。医生根据症状、体征、肛门指诊、Ｂ超、血常规、抽脓等加以确诊。肛门脓肿有两个高发期，一是婴幼儿，一是青年男女，男性发病率高于女性。糖尿病、血液病患者常易患此病。有以肛门脓肿而发现有白血病、糖尿病者。肛门直肠周围组织间隙疏松并相互联通，脓肿一旦形成会向周围漫延，所以肛门脓肿是肛肠科急诊手术的病种，要早期手术切开。如早期使用了抗生素，局部形成了硬结，可到专科再行手术。

肛门脓肿手术有两种方法。可先行切开排脓，待形成肛瘘后二期手术，适用于位置较深的患者，优点是肛门功能保护较好，缺点是治疗过程长，费用高。也可行一次性根治术，适用于脓肿位置较浅者，优缺点与二次手术相反。医生一般在手术中根据情况选择术式，以保护肛门正常功能为优先。