根据年龄不同，直肠脱垂的治疗方法也有所不同。

对幼儿患者，大多数直肠脱垂可以自愈，因此，这类患儿以非手术治疗为主。这是由于随着小儿的生长发育，骶骨弯曲度的形成，直肠脱垂将逐渐消失。如果期待治疗无效，可采用直肠内黏膜下注射疗法，很少需要腹内手术。

对于幼儿，在手法复位后，可使用纱布卷赌住肛门部，再将两臀部用胶布固定，暂时封闭肛门，可防止因啼哭或因腹压增高而于短期内再发。

成人不完全脱垂可用注射疗法，而完全型直肠脱垂的治疗以手术为主，手术途径有经腹部、经会阴、经腹会阴及骶部4种。

成年人完全型直肠脱垂以腹内直肠固定或悬吊术较安全，并发症、发病率及死亡率都较低，效果良好。乙状结肠和直肠部分切除术效果也较好，但术后并发症较多。不能复回脱垂或有肠坏死的可经会阴行直肠乙状结肠部分切除术。

此外，无论是幼儿还是成人患者，直肠只要脱出肛门外，就应该立即复位。如果直肠脱出时间长，脱垂组织充血、水肿严重，应前往医院，尽可能请医生手法复位，回复后应做直肠指诊，将脱垂肠管推到括约肌上方。

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