对肛瘘国内外现行的分类方法多达二十余种。根据中国衡水会议（1975年），肛瘘统一标准分类是：以外括约肌深部划线为标志，瘘管经过此线以上为高位，在此线以下为低位。只有单一的内口、瘘管、外口的称单纯性肛瘘；有两个或两个以上内口、瘘管、外口的称复杂性肛瘘。此分法目前已在国内普遍使用。

（1）低位单纯性肛瘘 只有一个瘘管，并通过外括约肌深部以下，内口在肛窦附近。

（2）低位复杂性肛瘘 瘘管在外括约肌深部以下，外口和瘘管有两个以上者，有一个或几个在肛窦部位。

（3）高位单纯性肛瘘 仅有一条瘘管，管道穿过外括约肌深部以上，内口位于肛窦部位。

（4）高位复杂性肛瘘 有两个以上外口瘘管有分支。

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