对慢性及急性肛裂经治疗无效者，则应选择手术治疗。手术疗法大致有以下几种方法：

1.切除术：适用于Ⅲ期或慢性肛裂，术后效果好，极少复发。

2.后方内括约肌切开术：主要目的是消除内括约肌痉挛。

3.侧方内括约肌切开术：主要目的是减少和防止肛门功能不良。

4.肛管扩张术：主要用于各种原因引起的肛管弹性消失和收缩，括约肌功能不良，发生的器质性狭窄。

5.V-Y肛管成形术：适用于肛管皮肤缺损及明显狭窄的肛裂。

6.肛门周围皮肤裂治疗：应依据肛裂病因病情来选择手术与否。

7.肛裂并有Ⅰ期或小型Ⅰ期内痔：应先做侧方内括约肌切开术，肛裂治愈后再注射治疗内痔。

8.肛裂的其他疗法：如激光、电灼治疗等等。